d织田信长看到时机已经成熟，于是决定再次攻打津川口，断绝石山本愿寺的补给。
在武田军警固众学习一番的九鬼嘉隆回到居城鸟建立起造船基地，设计制造铁船。九鬼嘉隆吸取旧式的军船、明朝船只以及欧洲船只的优点，设计制造了一种全新的军船。这种军船宽七间约12，全长十二间约21，相对于当时其他的军船来说，是庞然大物了。巨大的船体是用最好的木材构筑而成，最外层覆盖铁板用于加固和阻燃。这就是战国时期著名的“铁甲船”。
在武田家的帮助下，经过一年多的精心准备，九鬼嘉隆建造了六艘这样的安宅船。同时为了发挥九鬼水军擅长的炮击术，又在船头和侧面各安装了3门大炮。
舰体全身覆盖铁板的军舰，在当时的世界是非常珍贵的。在传教士路易斯弗洛伊斯给葡萄牙王国的报告信中提到，“这和王国的船相似，这种船在日本能够被建造出来实在令人吃惊”。而由于消息封锁的严密，毛利水军对此毫无察觉。
天正六年六月二十六日，九鬼嘉隆率领铁甲船六艘，泷川一益率领大船一艘，从熊野浦出发，向大坂湾前进。
途中经过淡路海上的时候遭到杂贺众众多小船的攻击，九鬼嘉隆采取一齐射击的战术，轻松将其击溃。
七月十七日抵达堺港，次日抵达大坂湾，在重要地点完成兵力配置以后，再度对大坂湾开始进行封锁。
九月二十七日，九鬼舰队接受信长的检阅。信长在参观后对铁甲船极为满意，赐给嘉隆黄金二十枚及九人扶持。
毛利辉元得到大坂湾再度被封锁的消息后，同时应本愿寺的邀请，毛利家再度派出村上武吉、儿玉就英率水军前往支援。
天正六年十一月六日晨，毛利水军出现于木津川附近，九鬼嘉隆率队迎击。
战争伊始，九鬼嘉隆将舰队呈“一”字排开。而毛利军依然展开“蝴蝶之阵”，由儿玉就英率队开始对九鬼水军进行分割包围战术。
九鬼嘉隆看起来无法抵御敌军，铁甲船上火绳枪的也攻击无法阻挡行动迅速的村上水军的逼近，行动迟缓的铁甲船不久就被村上水军包围。
由于在第一次木津川口之战中大败织田军，因此，对于曾经的手下败将显得不屑一顾。
村上武吉在儿玉就英队将织田军包围后向南移动，企图直接越过封锁线。
此时，九鬼嘉隆引船冲击毛利船队，由于小早船吃水浅，毛利军的数艘战船竟被直径撞翻了。村上武吉大惊。
毛利水军故伎重演，用“焙烙火矢”对织田军进行火攻，因铁甲船高大而覆有铁皮，使得火矢命中船体后不能插入，纷纷落入水中，铁炮发射的弹丸亦被弹开。
一计不成，毛利水军只好改变战法，利用数量和速度上的优势逼近铁甲船，企图进行跳帮接弦战。
村上武吉遣五路船队杀向织田军警固众，就在毛利水军接近之时，织田水军用大炮攻击对方水军大将所在的指挥船。
在九鬼嘉隆的指挥下，九鬼嘉隆采用集火战术，将所有火力集中在一艘船上，一次齐射直接打掉了毛利水军数艘先发的指挥船。
被集火战术震慑后，毛利水军不敢再靠近。
第四二三章夕阳下的名门
随后，九鬼嘉隆率船队主动推进，接连击沉数十艘毛利战船。毛利水军毫无应敌之策，只能眼睁睁的看着自己的战船一艘接一艘的被打掉。村上武吉和儿玉就英只得下令撤军。
至此，第二次木津川口之战以织田水军取得压倒性胜利而告终。
这一战使得大坂湾的制海权归于织田信长，淡路岛以西仍归于毛利辉元。同时石山本愿寺方面对毛利氏方面支援的希望彻底断绝，本愿寺士气低落。
第二次木津川口之战的胜利使得织田信长再次控制了大坂湾的制海权并确立了在石山合战中的优势，直接推动了织田家统一近畿。
九鬼嘉隆则从织田信长那里获得了摄津野田、福岛一带共七千石的领地的奖赏，使得总石数高达三万五千石，被称为海贼大名。
同时，此战是世界史上最早出现铁甲船的战斗，具有划时代意义。
这一年的正月，织田信长向摄津国的石山本愿寺发出了攻击的布告，三月十五日下达了全军出动的命令。
四月四日，织田信忠向石山本愿寺发动了攻击。杂贺众在起初协助本愿寺方参加防守，形势开始逐渐出现不利的局面。
如今毛利水军被击败，石山本愿寺陷入孤立无援的形式。
到了天正七年正月摄津有冈城的铃木孙一出城进入了摄津花熊城。
而在关东，二月一号，上杉景胜集结兵力，对御馆城发动总攻。
此时的御馆城实力最弱，尽管有猛将北条景广英勇奋战，但也是杯水车薪。
上杉景胜看得出只要北条景广死了，再想拿下御馆城就容易许多了，于是便让手下荻田主马出击，北条景广奋战多时，与荻田主马一骑讨时，被长枪刺落下马，当即战死。
上杉景虎的军队因为北条景广的战死，随即崩溃，逃回御馆城，御馆城被上杉景胜这方团团包围。
在这个时刻，上杉景虎召见了武田正信的使者，冈本秀夫。
冈本秀夫已经知道北条景广战死，御馆城被围困的事情。他出言道：“景虎大人，您可是有了决断”
上杉景虎出言道：“我可以投靠武田将军殿下，但是直接拿去拿去越后一半，是不是太多了”
冈本秀夫摇头道：“景虎大人还没有看清楚现状吗您已经被景胜大人的大军击败了，北条家的援军到来之前，景虎大人唯一的希望就是本家啊。
一旦御馆城被攻破，景虎大人就落入景胜大人手中，之后景胜大人也不会放任大人活着吧景虎大人，到时候你就连另一半越后都没了。”
冈本秀夫看着上杉景虎颇为纠结的表情，继续说道：：“景胜大人可比景虎大人果断多了，为了让武田胜赖出兵，景胜大人可是毫不犹豫割地了啊。”
上杉景虎听到这里，眼睛一睁，瞪着冈本秀夫：“上杉景胜哪里比得上我是他太卑鄙了哼，只要将军殿下帮助我坐上上杉家家主之位，西越后就是将军殿下的”
冈本秀夫拿出武田正信已经写好的盟书递给上杉景虎，上杉景虎看了一眼之后毫不犹豫地签下了自己的名字。
当晚，就有忍者带着盟书离开御馆城，在二月三号晚上，送到了武田正信的岸头上。
得到上杉景虎的手书以及盟书，他立刻动员家中兵力五万，征讨越后。