自从陈新甲确立了联虏平寇的国策以后，孙传庭对此虽然怀有相当程度的不满——依照他的本意，只要和东虏议和以后，把关宁军撤入关内剿贼，就已经足够扭转大明不利的军事形势了，没有必要发展到和有不共戴天血仇的清军联合作战这种地步。
但是圣意已决，就不再是孙传庭一个地方督抚能够改变的了。陈新甲靠着联虏平寇的国策，终于取得了总制朝野的大权，成为了崇祯登极以来，权势最大、权力基础最为稳固的一名辅臣，即便是杨嗣昌圣眷最隆的时候，也不能和现在的陈新甲相比。
孙传庭对于京中发生的这一系列变化，隐忧很深。只是剿贼军事危急，他能做的也只有先行讨平闯逆，再设法回京，为崇祯皇帝整理朝堂。
联虏平寇以后，首先被明廷侧目重视的是本来就正在关内劫掠的阿巴泰、图尔格两支军队。这两支大军里，阿巴泰一军与关宁军汇合，任务是南下恢复畿南，却在白沟河遭到了李来亨的激烈阻击，最终收获了一场惨痛的失败。
而另一支原本也在关内进行劫掠的清军部队，即图尔格军，在京西一带加入了孙传庭的麾下。
孙传庭比较关宁军诸将还有一个较大的优势，就是他并非只是一镇镇台，而是可以总制三万秦军的剿总大臣。虽然秦军未必强于关宁军，可是因为新安之战以后，秦军诸将以高杰为首，全都和孙传庭靠拢求生，令出一端，所有人为生存而战，为打回陕西而战，战斗力反而高于诸将都三心二意的关宁军。
除了图尔格一支强援以外，更让孙传庭拥有战胜信心的是，联虏平寇的国策决定不久以后，清军的睿亲王多尔衮就又带着一支大军至宣府外与明军商讨入关事宜！
孙传庭遂多尔衮此人有所了解，上一次崇祯十一年清军入关劫掠时，孙传庭奉命追击的就是多尔衮部。他知道多尔衮是清军中一个足智多谋的名将，实力声望远在阿巴泰之上。
虽然孙传庭本意，并不希望清军借着剿闯的机会，一再派兵入关。可是形势比人强，何况近年来清军毁边墙而入，仿佛翻掌一般容易，孙传庭即便不想不愿，又有什么办法呢？
孙传庭的三万秦军，再加上多尔衮和图尔格两支强援部队，明军的这一路兵马，才能称之为真正的主力所在。
也是多尔衮从宣府强势入关，才给了孙传庭实行兵分两路，重点先取大同，以求转守为攻的信心。
孙传庭以攻取大同为主要目标，不仅仅是因为大同的战略位置特别重要，而且也是因为李自成把姜瓖从大同总兵的位置上调离以后，引发不少大同降将的担忧和不满。
这些反复小人中很有一些人和孙传庭建立了联系，把闯军在山西兵力的内幕情况通知给了孙传庭。
如果没有多尔衮的强援，孙传庭即便获得这些情报，也没有任何的用武之地。可是现在他兵力大增，自然就有了兵叩代北的作战信心。
只可惜因为李来亨的一封信，让田见秀变得异常信重姜瓖，还把免职以后，一直在大同活动的姜瓖给调去了太原，随时带走身边，极度亲宠。使得孙传庭反而失去了和姜瓖的联络渠道，让明清联军收复山西的计划被迫蒙上了一层阴影。