崇祯正在焦急地盼望杨嗣昌的消息，忽然接到万元吉的飞奏，说杨嗣昌于三月丙子朔天明之前在沙市病故，敕书、印、剑均已妥封，暂存荆州府库中。
崇祯对杨嗣昌又恨又可怜，对于以后的“剿贼”军事，更觉束手无策。同陈新甲商量之后，他下旨命丁启睿接任督师。他心中明白，丁启睿是个庸才，不能同杨嗣昌相比。但是他遍观朝中大臣，再也找不出可以代他督师的人。
在杨嗣昌的死讯到达北京之前，已经有一些朝臣上本弹劾他的罪款，多不实事求是，崇祯都不理会。杨嗣昌死的消息传到北京以后，朝臣中攻击杨嗣昌的人更多了，弹劾的奏本不断地递进宫中。
崇祯想着杨嗣昌是他力排众议，视为心膂的人，竟然糜饷数百万，剿“贼”无功，失守襄阳，确实可恨。
他一时感情冲动，下了一道上谕：“辅臣杨嗣昌二载瘁劳，一朝毕命。然功不掩过，其议罪以闻！”
许多朝臣一见这道上谕，越发对杨嗣昌猛烈攻击，说话更不实事求是，甚至有人请求将杨嗣昌剖棺戮尸。
崇祯看了这些奏疏，反而同情杨嗣昌。他常常想起来前年九月在平台为杨嗣昌赐宴饯行，历历如在目前。那时候杨嗣昌曾说如剿贼不成，必将“继之以死”的话，余音犹在他的耳边。
他最恨朝廷上门户之争，党同伐异，没有是非，这种情况如今在弹劾杨嗣昌的一阵风中又有了充分表现。他很生气，命太监传谕六部、九卿、科、道等官速来乾清宫中。
崇祯从文书上抬起头来，冷眼看着六部、九卿、科、道等官分批在宝座前三尺外行了常朝礼，分班站定以后，才慢慢地说：“朕今日召你们来，是要说一说故辅臣杨嗣昌的事。在他生前，有许多朝臣攻击他，可是没有一个人能为朕出一良谋，献一善策，更无人能代朕出京督师。”
杨嗣昌死后，攻击更烈，都不能设身处地为杨嗣昌想想。”
他忍不住用鼻孔冷笑一声，怒气冲冲地接着说，“杨嗣昌系朕特简，用兵不效，朕自鉴裁。何况杨嗣昌尚有才可取，朕所素知。你们各官见朕有议罪之旨，大肆排击，纷坛不已，殊少平心之论。姑不深究，各疏留中，谕尔等知之！下去吧！”
众官见皇帝震怒，个个股栗，没人敢说二话，只好叩头辞出。他们刚刚走下丹墀，崇祯又命太监将几位阁臣叫回。阁臣们心中七上八下，重新行礼，俯伏地上，等候斥责。崇祯说道：“先生们起来！”
阁臣们叩头起身，偷看崇祯，但见他神情愁惨，目有泪光。默然片刻，崇祯叹口气说：“朕昨夜梦见了故辅臣杨嗣昌在这里向朕跪下叩头，说了许多话，朕醒后都记不清了。”
“只记得他说：‘臣鞠躬尽瘁，死而后已。朝中诸臣不公不平，连章见诋，故臣今日归诉皇上。’朕问他：‘所有的奏疏都不公平么？某人的奏疏似乎也有些道理吧？’嗣昌摇头说：‘亦未然。诸臣住在京城，全凭意气，徒逞笔舌，捕风捉影，议论戎机。他们并未亲历其境，亲历其事，如何能说到实处！’朕问他：‘眼下不惟中原堪忧，辽东亦岌岌危甚，卿有何善策？’嗣昌摇头不答。朕又问话，忽来一阵狂风，窗棂震动，将朕惊醒。”
众阁臣说一些劝慰的话，因皇上并无别事，也就退出。崇祯只留下兵部尚书陈新甲一人。
崇祯坐在武英殿的东暖阁中，看见陈新甲躬身进来，等陈新甲跪下叩头以后，他忧虑地说道：“丁启睿升任督师，遗缺尚无人补。朕想了数日，苦于朝中缺少知兵大臣。傅宗龙虽有罪下在狱中，似乎尚可一用。卿看如何？”
其实丁启睿本来就是代替三边总督郑崇俭暂时理事，最好的人选就是让郑崇俭恢复秦督之位。可是郑崇俭被罢免，本来就是因为玛瑙山之战后官军搜剿张献忠时，杨嗣昌推锅说郑崇俭撤兵太早，导致贼兵猖獗。
如今杨嗣昌病死，崇祯对杨嗣昌是又恨又怜又爱，对郑崇俭则只有仇恨和愤怒了。他痛恨郑崇俭没有给杨嗣昌充当犄角，助兵平寇，就把他逮捕入狱，责备他“唆使士兵擅自返回”，“无视军规”，已经将郑崇俭下狱，只好再找人选担任秦督。
“宗龙有带兵阅历，前蒙陛下识拔，授任本兵。偶因小过，蒙谴下狱，颇知悔罪。今值朝廷急需用人之际，宗龙倘荷圣眷，重被简用，必能竭力尽心，上报皇恩。宗龙为人朴实忠诚，素为同僚所知，亦为陛下所洞鉴。”
崇祯点头说：“朕就是要用他的朴忠。”
陈新甲跪在地上略等片刻，见皇帝没有别事“垂问”，便叩头辞去。
崇祯就在武英殿暖阁中立即下了一道手谕，释放傅宗龙即日出狱，等候召见，随即又下旨为杨嗣昌死后所受的攻击昭雪，称赞他“临戎二载，屡著捷功；尽瘁殒身，勤劳难泯。”
在手谕中命湖广巡抚宋一鸟派员护送杨嗣昌的灵柩回籍，赐祭一坛。他又命礼部代他拟祭文一道，明日呈阅。
第二天，崇祯在文华殿召见陈新甲和傅宗龙。当他们奉召来到时候，崇祯正在用朱笔修改礼部代拟的祭文。将祭文改完放下，他对身边的太监说：“叫他们进来吧。”
等陈新甲和傅宗龙叩头以后，崇祯命他们起来，仔细向傅宗龙打量一眼，看见他入狱后虽然两鬓和胡须白了许多，但精神还很健旺，对他说道：“朕前者因你有罪，将你下狱，以示薄惩。目今国家多故，将你放出，要你任陕西、三边总督。这是朕的特恩，你应该知道感激，好生出力剿贼，以补前愆。成功之后，朕当不吝重赏。”
傅宗龙重新跪下叩头，含着热泪说：“严霜雨露，莫非皇恩。臣到军中，誓必鼓励将士，剿灭流贼，上慰宸衷，下安百姓；甘愿粉身碎骨，不负皇上知遇！”
崇祯点头说：“很好。很好。你到西安之后，估量何时可以带兵入豫，剿灭闯贼？”