五月中旬，他们在和林西面的大草原上大败三音诺言与扎萨克图部的联军，之后一路追击西逃的残敌。
七月下旬，他们在唐努乌梁海追上了残寇，并绞杀之。
在唐努乌梁海与科布多继续扫荡了残敌之后，满桂这才带着大军返回了归化行都司。
十月，经朝廷商议与朱由校坚决推动，加曹文诏为开原侯并侯爵可世袭三代，敕封满桂为克虏伯、刘成功为定北伯并世袭三代。
十一月，朝廷进行军改，裁撤已经存续了两百多年的辽东、蓟州、宣府、大同与延绥镇，设立辽东、蒙古两大军区与京畿防卫区。
军改内容除了废除军镇设立军区，还将原先混乱的军职与军阶全部改成了禁军标准，也就是说一个军区只能有一个总兵，其它分守将领只能是副将或参将副参将。
其中，辽东军区包含朝鲜、辽东布政司、金山行都司与破虏行都司，总部在沈阳，首任总兵是曹文诏，副将也就是副总兵是黄得功与刘渠。
而蒙古军区，包含了漠北行都司、归化行都司与原先的大同镇，总部设在归化城，首任总兵是满桂，副将是刘成功与马世龙。
至于京畿防卫区，下辖直隶、山东、大宁行都司与原先的宣府镇，不设直属军区机构，受都督府与镇边府直管，其中都督府管禁军系，镇边府管京营与原先的边军。
隆武八年三月，已经在甘州城待了快三年的京营第六与第八营，终于有了用武之地，他们同驻守西北的甘肃、宁夏与兰州三镇军队一起，在熊廷弼的统一指挥下，出嘉峪关，以秋风扫落叶的架势，于隆武八年内，重新恢复了大明对关西七卫的统治。
这次进军关西七卫，朱由校不再满足于过去统而不治的方式，而是剿灭当地大族，不仅留下大军驻扎几处要地，还从西北移民万户前去屯垦，并直接将关西七卫纳入甘肃布政司的管辖。
隆武十年，经过一年时间休整与修建道路，熊廷弼再次带着西北大军从哈密卫城出发，先是剿灭了盘踞在吐鲁番盆地的割据势力，之后沿着天山南麓继续西进，覆灭了内乱不断的叶尔羌汗国。
占领了叶尔羌汗国与吐鲁番之后，朱由校将两者合二为一，设立天山行都司，行都司驻地吐鲁番，都指挥使由侯世禄出任。
隆武十一年，侯世禄带着西北大军主力翻越天山，进攻盘踞在伊犁河谷内的准格尔汗国，经过近三年的征伐后，侯世禄终于在喀纳斯湖附近覆灭了准格尔汗国。
南北疆统一后，朱由校在伊犁河谷设立七河行都司，并在此设立西域总督与西域军区，由辽东巡抚孙传庭出任总督，而总兵则由曹文诏调任，领军作战的侯世禄则前往南京接任戚元功留下的东南军区总兵。
至于辽东巡抚的职位，则由辽东右布政使兼破虏行都司左参政卢象升出任。
而曹文诏留下的辽东总兵则由刘成功升任，蒙古总兵满桂调回京城出任都督府右都督，原先的右都督孙祖寿则顺利接替致仕的戚金。
满桂调任京城后，黄得功终于升到了他心心念念的总兵，虽然不是他熟悉的辽东总兵，但也算迈上了一个十分重要的台阶。
调离南京军区的戚元功，则去广州组建了南洋军区。
此外，朱由校还组建了总部设在重庆的西南军区，总兵则由马世龙出任。