待一切布置完毕后，袁崇焕返回宁远，上书崇祯帝请罪。
虽然袁崇焕强调了自己此举是为了整肃军纪。
但崇祯帝还是对袁崇焕不请示而擅杀大将的行为十分生气，但崇祯帝此时正倚重袁崇焕。
便下旨斥责了毛文龙的死有余辜，并嘉奖了袁崇焕的果断行动。
之后，将东江军队，进一步缩编为东、西（左、右）二协，分别以陈继盛及刘兴祚统领。
袁崇焕杀毛文龙后不久，与建奴的和谈破裂，双边关系再度紧张。
崇祯二年（1629年）十月，为嘉奖袁崇焕抵御建奴的功劳，崇祯帝加封袁崇焕为太子太保。
当袁崇焕沉浸在升官的喜悦中时，皇太极正准备西征事宜。
皇太极的攻击目标有两个，一个是林丹汗的察哈尔部，另一个则是崇祯帝的大明。
经过思考，皇太极最终决定攻明。
但此次攻明，皇太极并没有选择越过关、宁、锦防线攻明。
而是从大明东北边防中最薄弱的蓟州长城突破。
在皇太极的谋划下，蓟州镇辖下的龙井关、大安口、汉儿庄、马兰峪、洪山口等要塞陆续被建奴攻克。
蓟州的明军全线溃败，最开始袁崇焕望见长城烽火，听说是蒙古侵犯遵化，对此还不太担心。
仅仅是派赵率教出兵救援，等到他陆续的接到蓟州道以及蓟辽总督刘策等送来的急报后，袁崇焕才了解到事态的严重性。
袁崇焕立马与刚赶到山海关的祖大寿、何可纲商议此事。
祖大寿建议直奔蓟州，以保护京师，但也有人建议营救遵化或直捣建奴老巢。
最终袁崇焕听从祖大寿之议，率军急赴蓟州。
建奴突然进攻北京城，让崇祯帝大惊失色。
北京城一时间危在旦夕。
幸得袁崇焕率军紧急救援，才将建奴击退。
但袁崇焕在北京城外抵御后金时，北京城内出现袁崇焕“引敌胁和”的传闻。
甚至还流传起“杀了袁崇焕，鞑子走一半”、“拿了袁崇焕，大家吃太平宴”的民谣并流传宫中。
此外，在城外有田庄地产的勋戚和大太监也对袁崇焕不满，纷纷向崇祯帝告袁崇焕的状。
最终兵部尚书申用懋派幕客沈自征到袁崇焕军中，劝袁崇焕入城以息谣言，袁崇焕答应，沈自征又说让他先回城禀告，然后袁崇焕再入城。
后来，崇祯帝召见袁崇焕及祖大寿、满桂、黑云龙诸将及兵部尚书申用懋于平台。
已知道城中谣言的袁崇焕很不安，将宣旨的宦官留在营中，自己穿着青衣玄帽入城，力陈后金军势强大，暗示与后金议和。
崇祯帝对袁崇焕优礼有加，不仅起身慰劳，还脱下自己穿的貂裘赐给他，又与祖大寿各受赐银盔甲一副，并赐御膳。
然而当袁崇焕请求率兵入城休整时，崇祯帝断然拒绝，袁崇焕请只放三千人进城，崇祯帝说：“即三十人亦不可！”二十五日，袁崇焕又请“外城休士”，并请辅臣出援，崇祯帝的回应都是“不许”。
相反，满桂的部队则获准入外城休整。可见崇祯帝对袁崇焕已不再信任。